高新技术企业是指那些研制开发、生产销售高新技术产品或大规模运用高新技术的企业。高新技术企业不同于一般企业的本质特点是，在为社会提供产品或服务的过程中涉及到的技术含量比较高。与传统企业相比，高新技术企业具有高新技术密集、高知识密集、高投入与高产出、高风险和高发展速度的特点。这使得高新技术企业的价值评估与传统企业不同，具有自己鲜明的特点。
高新技术企业具有较高的风险和收益：由于知识的不可存储性和创新效益的溢出效应，使高新技术企业的投资中，预期收益高于传统企业且收益的不确定性增大。由于新技术、新产品的不断涌现，知识更新不断加快，产品生命周期缩短，产品、技术更替频繁，企业失败的概率比较大，这使得高新技术企业要面临更大的风险，估价用的折现率也就比较大；在收益方面，由于高新技术企业一般具有较强的垄断力，产品在得到市场的认可后会产生很强的扩张力，得到的收益也比较大。用不同的折现率。
高新技术企业的创新活动一般要经历开发、中间实验和商业化三个阶段。每一个阶段都会面临不同的风险，这就要求在估价中加以区别对待。传统的估价方法在估价过程中只使用同一个折现率，不能反映不同阶段风险的差异。
企业的决策具有动态序列性，决定了估价难度的提高。高新技术企业在不同的发展阶段都要根据企业面临的不同情况做出不同的决策，在市场情况向好的一方面发展时，须做出一种积极的决策；反之，当市场向不好的方面发展时就做出另一种决策。并且这些决策一般都是战略性的，关系到企业的发展方向与命运，也影响到企业未来获取现金流量的能力。而传统的估价方法无法反映不同决策对企业价值的影响。因为企业需要根据未来将要面临的不同形势做出这样或那样的决策，未来的经济形势变化多端，使得折现率的确定难度加大。
知识的更新和不断的技术创新活动在高新技术企业盈利活动中起着重要的作用。无形资产是高新技术企业的重要资产形态之一，其重要性超过了货币资产和实物资产，有些企业只拥有少量甚至是微不足道的有形资产，企业价值主要依靠这些无形资产。
部分企业缺乏传统评估方法所需的数据。由于高新技术企业采用的技术千差万别，一般很难找到在行业、技术、规模、环境及市场方面都类似的可比公司，这就无法使用传统的相对比较法。另外，一些高新技术企业缺乏盈利记录，无法根据现在的盈利计算盈利增长率；对于新成立的高新技术企业，缺乏历史数据，使得预测和推断缺乏说明力。
